Varianta africană a COVID: Cum se răspândește și cât este de letală. A apărut la un bolnav HIV

Profesorul de boli infecțioase și microbiologie Cristian Apetrei de la Universitatea din Pittsburg explică modul în care a apărut varinat africană a COVID și cât de periculoasă este.

 

Citește și: Interdicția ca pasageri din Africa de Sud să intre în unele țări, „nejustificată”, susține MS

 

„Cel mai probabil, ca urmare a infectarii unui pacient sever imunodeprimat (probabil HIV netratat-infectia cu HIV are o prevalenta mai mare de 30% in populatia Africii de Sud), care a produs raspunsuri imune suboptimale. Care raspunsuri au obligat virusul sa evolueze ca sa le eludeze, dar pe de alta parte nu au fost capabile sa-l elimine. Si in acest mod s-a produs o infectie persistenta SARS-CoV-2.

Am mai vazut cazuri din astea, unul dintre ele chiar la un pacient transplantat din Pittsburgh.

 

Bun. Ce a iesit? Asta a iesit. O varianta care are in total 50 de mutatii, mai mult de 30 dintre acestea in structura proteiniei spike si 10 in RBD (receptor binding domain), structura care se leaga la receptori si fata de care sunt dirijati anticorpii neutralizanti, inclusiv cei din vaccin.

Mutatii in structura proteinei spike - A67V, Δ69-70, T95I, G142D/Δ143-145, Δ211/L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

Mutatii altele decat in proteina spike- NSP3 – K38R, V1069I, Δ1265/L1266I, A1892T; NSP4 – T492I; NSP5 – P132H; NSP6 – Δ105-107, A189V; NSP12 – P323L; NSP14 – I42V; E – T9I; M – D3G, Q19E, A63T; N – P13L, Δ31-33, R203K, G204R

 

• D614G. Inseamna ca in pozitia 614 a glicoproteinei acidul aspartic (D) a fost inlocuit cu glicina (G). Aceasta este o mutatie hipercunoscuta, a survenit in tulpina wuhan atunci cand a intrat prima oara in Europa anul trecut si a contribuit decisiv la pandemizarea SARS-CoV-2

 

Citește și: Pastila anti-COVID de la Merck, eficientă, dar nu va fi autorizată pentru gravide (SUA)

 

• L452R. Substituirea, in pozitia 452, a leucinei cu arginina: confera o legare mai buna a proteinie spike la receptor si reduce capacitatea de recunoastere de catre sistemul imun

• P681R. Inlocuirea, in pozitia 681, a prolinei cu arginina. Este considerata a creste infectiozitatea la nivel celular a virusului prin clivarea precursorului S in configuratia active S1/S2.

Nu bun.

 

• Varianta omicron se raspandeste cu rapiditate. Intr-un grafic al raspandirii initiale a variantelor virale, bate tot ce misca. Vedeti graficul.

• Sunt pana in prezent identificate cazuri in Africa de Sud, Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambic, Namibia şi Eswatini, Hong Kong si Belgia. Poate or mai fi, dar n-am mai urmarit de vreo cateva ore.

• Mutatiile numeroase in RBD (si NTD) asociaza rezistenta la anticorpii neutralizanti (inclusiv anticorpii monoclonali utilizati in terapie)

• Clusterul de mutatii din vecinatatea situsului de clivare al furinei (H655Y+N679K+P681H) creste eficienta intrarii virusului in celula si deci transmisibilitatea virusului

• Deletia nsp106 (△105-107) care nu e noua pentru omicron, poate genera antagonizarea interfenonilor, adica rezistanta la imunitatea innascuta, putand astfel mari transmisibilitatea

• R203K+G204R sunt mutatii care survin in afara domeniului spike, in nucleocapsida (erau in variantele Alfa, Gamma si Lambda) si sunt asociate cu infectivitate crescuta.

• In Hong Kong, cei doi pacienti testati aveau incarcaturi virale extrem de ridicate (pozitivare la 17-18 cicluri de realtime), ceea ce sugereaza o productie foarte mare de virus. Poate conduce atat la boala grava, cat si la transmisibilitate crescuta.

• Pacientii din Hong Kong erau in camere diferite, iar virusul a fost gasit raspandit larg in cele doua camere-ceea ce inseamna ca virusul este transmisibil prin aerosoli. Se transmite cu foarte mare usurinta (iar incarcaturile virale mari nu ne ajuta deloc)

 

• deletia △69-70 in gena S permite identificarea foarte usoara a variantei omicron-deci trasabilitatea ei imediata.

• majoritatea regiunilor din genele N si RdRp, care sunt folosite pentru diagnostic prin testele de realtime PCR sunt conservate. Ceea ce inseamna ca testele vor functiona pentru monitorizarea pacientilor infectati cu varianta omicron

• la fel, regiunile din structura nucleocapsidei recnoscute de testele rapide antigen nu sunt substantial modificate si vor putea fi recunoscute. Deci testele functioneaza inca.

• Unul din expertii in biologie structurala a coronavirusurilor a sugerat ca mutatiile combinate P681H si N679K sunt extrem de rare tocmai pentru ca nu sunt stabile. A mentionat insa ca nu se stie cum sunt afectate aceste mutatii de restul mutatiilor din structura omicron.

 

• in ce masura virusul are capacitate de a se raspandi masiv in lume inlocuind varianta delta. Care este transmisibilitatea acestui virus (i.e., este R0 mai mare, fiind continuata seria de cresteri cu fiecare noua varianta)?

• in ce masura infectia cu omicron are patogenicitate mai mare (i.e., letalitate si sechele mai mari). Se stie deja ca unii pacienti pot ramane in continuare asimptomatici

Ce stim?

-ca trebuie sa ne protejam. Purtati masca ori de cate ori sunteti in spatii inchise impreuna cu alte persoane.

-nu iesiti din casa daca aveti febra. Nu va lasati colegii/angajatii/elevii/studentii sa vina la scoala daca au febra.

Din pacate, n-am iesit din padure, si probabil ca o sa continuam sa o luam de la capat pana cand vom invata ca trebuie sa facem si ce trebuie sa facem nu numai ce vem chef.

In imagine, modul in care s-au raspandit initial variantele virale in Republica Sud-Africana”, spune profesorul.