Morsi a fost închis din momentul în care a fost răsturnat de armată în 2013, după protestele de masă împotriva guvernării sale.
Ministerul de Interne a anunțat stare de alertă ridicată după anunțarea morții lui Morsi, de teama revoltelor.
Televiziunea de stat a relatat că Morsi, în vârstă de 67 de ani, se afla în instanță pentru o audiere cu privire la acuzațiile de spionaj și legături cu grupul islamist palestinian Hamas.
Morsi era condamnat la 20 de ani pentru uciderea protestatarilor în timpul demonstrațiilor din 2012 și pe viață pentru spionaj într-un caz legat de Qatar. Morsi a fost ales în Parlament în 2000. El a servit ca deputat între 2000 și 2005, oficial în calitate de independent pentru că Frăția Musulmană, din care făcea parte, a fost împiedicată să nominalizeze candidați sub fostul președinte Hosni Mubarak.
La 30 iunie 2012, Morsi a fost învestit în funcție, devenind al cincilea și primul președinte ales democratic din istoria Egiptului. El a succedat lui Hosni Mubarak, care a lăsat funcția de președinte al Egiptului vacantă după ce a fost forțat să demisioneze la 11 februarie 2011.
La 30 iunie 2013, la prima aniversare a alegerii lui Morsi, au avut loc demonstrații organizate de Tamarod, o mișcare spontană care susținea că a colectat peste 22 de milioane de semnături pe o petiție care îi cere lui Morsi să demisioneze.
La 1 iulie același an, Armata egipteană a emis un ultimatum de 48 de ore partidelor politice pentru a satisface cererile poporului egiptean, amenințând că va interveni în cazul în care litigiul nu va fi soluționat. Președinția a respins ultimatumul înaintat de armată, anunțând că președintele are propriile sale planuri pentru reconcilierea națională și rezolvarea crizei politice.
Morsi a fost răsturnat la 3 iulie 2013, de un consiliu format din ministrul Apărării, Abdel Fatah al-Sisi, Mohamed ElBaradei, Marele Imam din Al Azhar, Ahmed El-Tayeb, și Papa copt Tawadros al II-lea. Abdel Fatah al-Sisi a devenit președinte.
